Z dniem 30 czerwca 1996 WSG w Zielonej Górze został zniesiony, a w jego miejsce z dniem 1 lipca 1996 utworzony został Wydział Zamiejscowy w Zielonej Górze Wojskowego Sądu Garnizonowego w Poznaniu dla rozpoznawania spraw z województwa zielonogórskiegoRozporządzenie Ministra Obrony Narodowej z dnia 20 lutego 1996 r. w sprawie utworzenia i zniesienia sądów wojskowych oraz określenia ich siedzib i obszarów właściwości (Dz. U. z 1996 Nr 23, poz. 106)..
Z dniem 1 stycznia 1999 Wydziałowi Zamiejscowemu w Zielonej Górze Wojskowego Sądu Garnizonowego w Poznaniu powierzono rozpoznawanie spraw z nowo utworzonego województwa lubuskiegoRozporządzenie Ministra Obrony Narodowej z dnia 19 listopada 1998 r. w sprawie utworzenia sądów wojskowych oraz określenia ich siedzib i obszarów właściwości (Dz. U. z 1998 Nr 146, poz. 956)..
Z dniem 1 stycznia 2002 ponownie utworzony został Wojskowy Sąd Garnizonowy w Zielonej Górze (II) z siedzibą przy ulicy Kazimierza Wielkiego 12Rozporządzenie Ministra Obrony Narodowej z dnia 13 listopada 2001 r. zmieniające rozporządzenie w sprawie utworzenia sądów wojskowych oraz określenia ich siedzib i obszarów właściwości (Dz. U. z 2001 Nr 138, poz.