We wrześniu zwyciężył w imprezie w Pekinie, pokonując w finale Guillermo Corię w stosunku 5:7, 6:1, 6:2 oraz wystąpił w Pucharze Davisa wygrywając oba pojedynki singlowe i przegrywając jeden deblowy. W październiku po raz pierwszy zwyciężył w turnieju halowym: w finale imprezy ATP Masters Series w Madrycie pokonał w pięciu setach Ivana Ljubičicia. Z powodu kontuzji stopy Hiszpan nie wystąpił w kończącym sezon turnieju Tennis Masters Cup.
W 2005 roku Nadal wygrał 11 turniejów (8 na mączce, 3 na nawierzchni twardej), tyle samo co Roger Federer. Pobił tym samym rekord ustanowiony w 1983 roku przez Matsa Wilandera w liczbie wygranych turniejów w sezonie przez nastolatka. W całym sezonie Hiszpan wygrał 79 spotkań, więcej wygrał tylko Roger Federer – 81. Nadal zdobył ponadto nagrodę Golden Bagel Award, przyznawaną corocznie zawodnikowi, który wygrał w sezonie najwięcej setów w stosunku 6:0, oraz wyróżnienie ATP Most Improved Player of Year.