Latem 2006 Andújar powrócił do Argentyny, gdzie trafił do prowadzonego przez Diego Simeone Estudiantes La Plata. W turnieju Apertura 2006 wystąpił w 16 spotkaniach i wpuścił tylko 9 goli. Zespół Estudiantes we wszystkich 19 pojedynkach stracił 13 bramek, najmniej spośród wszystkich drużyn w lidze. W turnieju Apertura 2006 klub z La Platy zgromadził 44 punkty, tyle samo co ekipa Boca Juniors. W dodatkowym meczu o mistrzostwo Argentyny Estudiantes zwyciężyło 2:1 i zdobyło pierwszy od 23 lat tytuł mistrzowski. W 2009 Andújar zwyciężył ze swoim zespołem w rozgrywkach Copa Libertadores. Argentyński bramkarz zachował czyste konto w 8 meczach z rzędu, łącznie nie wpuścił gola przez 800 minut. Ustanowił tym samym nowym rekord Copa Libertadores, poprzedni należał do Hugo Gattiego i wynosił 767 minut.
24 czerwca 2009 Andújar podpisał 4-letnią umowę z Catanią Calcio. Od początku sezonu stał się jej podstawowym zawodnikiem wygrywając rywalizację o miano pierwszego bramkarza z Włochem Andreą Campagnolo i Słowakiem Tomášem Košickým.