Pomimo namów przeora klasztoru do wyjazdu na tereny Generalnego Gubernatorstwa, znaczna większość uciekinierów pozostawała na miejscu. Ci, którzy wyjechali, znaleźli schronienie m.in. w Podkamieniu na Podolu, gdzie później padli ofiarą zbrodni UPA.
W 1943 r. w różnych okolicznościach na terenie Wiśniowca Nowego z rąk Ukraińców zginęło około 10 Polaków, a w Wiśniowcu Starym – 21.
Luty 1944 Wycofując się przed nacierającą Armią Czerwoną, 2 lutego 1944 r. Wiśniowiec opuścili Niemcy, a w połowie lutego Węgrzy. Wraz z nimi wyjechał oddział Schutzmannschaft oraz część ludności cywilnej. Pozostało kilkaset bezbronnych osób liczących na szybkie przejście frontu, co nastąpiło jednak dopiero po 2-3 tygodniach. Wykorzystały to bojówki nacjonalistów ukraińskich, przystępując do pogromów pozostałej ludności.