Zniszczenia drugiej wojny światowej Podczas brytyjskich nalotów bombowych 26 kwietnia 1942 kościół św. Jakuba został w znacznej części zniszczony. Korpus wieży uległ całkowitemu wypaleniu, spłonął dach kościoła, uszkodzeniu uległy sklepienia, choć nie runęły, jako to miało miejsce w wypadku sklepień kościołów św. Piotra i św. Mikołaja. Całkowitemu zniszczeniu uległo za to wyposażenie kościoła, w tym renesansowa ambona, dzieło Rudolfa Stockmanna z 1582, XV-wieczny krucyfiks, XVI-wieczne epitafia i liczne obrazy. Zniszczeniu uległy przylegające do północnej strony kościoła tzw. Jakobikirchhäuser (domy św. Jakuba), ciągnące się wzdłuż ulicy Bei der Jakobikirche. W 1943 zrujnowany, grożący zawaleniem kościół św. Jakuba został prowizorycznie zabezpieczony podporami i nakryty tymczasowym zadaszeniem.
Losy powojenne thumb|Ruiny kościoła św. Jakuba w 1955 W maju 1947 na skutek bezmyślnego wysadzenia w powietrze bunkra przeciwlotniczego przy ul. Lange Straße przez sowieckie władze okupacyjne runęły sklepienia kościoła oraz nawa główna z filarami. Ucierpiały również dobudowane od strony południowej kaplice i nawa południowa. Pozostał tylko masywny korpus wieży oraz resztki prezbiterium i ścian bocznych.