Rozwój Instytutu jest w znacznym stopniu wspierany przez funkcjonujący w jego strukturach Centrum Doskonałości ANIMBIOGEN in EU – Centre of Excellence in Genomics, Biotechnology and Quality of Animal Products in Sustainable Production Systems with consideration of Animal Welfare, finansowane przez Unię Europejską w ramach 7. Programu Ramowego. Działalność Centrum obejmuje rozwój i wyszkolenie wyspecjalizowanej kadry naukowej, poprawę infrastruktury badawczej oraz zintensyfikowanie i zacieśnienie współpracy międzynarodowej z najlepszymi europejskimi ośrodkami naukowymi zmierzające do utworzenia strategicznego partnerstwa w celu realizacji wspólnych interdyscyplinarnych projektów badawczych (głównie w Programie Horyzont 2020). Centrum ma za zadanie również, pogłębiać współpracę z instytucjami rządowymi oraz sektorem rolno-spożywczym i przedsiębiorstwami biotechnologiczno-farmaceutycznymi.
Instytut koordynuje ponadto komplementarne projekty finansowane ze środków UE m.in.