Po II wojnie światowej miasto było stolicą RFN. Berlin Zachodni był małą wyspą w komunistycznym morzu, łatwą do ewentualnego podboju przez wojska NRD. Bonn zaś dużym miastem w rozsądnej odległości od granicy wewnątrzniemieckiej. Zjednoczony Berlin odzyskał status stolicy w latach 90. XX wieku. Za sprawą tzw. ustawy Berlin/Bonn z 1994 roku i uzupełniających ją przepisów dotychczasowej stolicy przyznano wyłączny tytuł „miasta federalnego” (Bundesstadt) i zagwarantowano pozostawienie w niej kilku instytucji centralnych.

W Bonn swoją główną siedzibę ma dzisiaj sześć ważnych ministerstw: edukacji, zdrowia, obrony, środowiska, rolnictwa oraz współpracy gospodarczej. Pozostałe ministerstwa mają tu swoją drugą siedzibę. W Willi Hammerschmidt znajduje się druga siedziba Prezydenta Republiki, a w Pałacu Schaumburg – druga siedziba Kanclerza Niemiec. Znajduje się tu również wysokościowiec o potocznej nazwie „Der lange Eugen” – dawny hotel dla deputowanych (Abgeordnetenhochhaus). Bonn jest także siedzibą 16 agend podporządkowanych ONZ.

W Bonn znajdują się także siedziby dwóch spółek wchodzących w skład indeksu DAX: Deutsche Post i Deutsche Telekom oraz siedziba .