Znaczna część rzek Tadżykistanu cechuje się śnieżnym i lodowcowym zasilaniem. Większość licznie występujących jezior kraju ma pochodzenie lodowcowe. Największe skupisko jezior występuje w Pamirze i w Hisaro-Ałaju. Największym jeziorem kraju jest słone jezioro Kara-kul o powierzchni 249 km², które leży na wysokości 3914 m n.p.m. Jezioro Sareskie i Jaszilkul powstały na skutek obrywów podczas trzęsień ziemi. W górach Tadżykistanu znajduje się duża liczba lodowców o łącznej powierzchni 8470 km², co daje prawie 6% powierzchni kraju. Największe lodowce występują w północnej i zachodniej części Pamiru. Najdłuższym i największym lodowcem kraju jest lodowiec Fedczenki o długości 77 km i powierzchni 992 km².
Gleby Znaczna część kraju nie posiada wykształconych gleb. Na równinach i przedgórzach do wysokości 1600 m n.p.m. tereny są pokryte szaroziemami z zawartością humusu. Powyżej 1600 m n.p.m. do wysokości 2800 m n.p.m. występują górskie kambisole, natomiast w wyższych partiach gór spotykanymi są litosole. We wschodnim Pamirze występują górskie regosole i arenosole.