Wilgotne, południowe stoki Grzbietu Hisarskiego i zachodnia część grzbietów Piotra Pierwszego i Darwaskiego są porośnięte przez lasy liściaste, gdzie rośnie orzech grecki, klon turkiestański i jawor wschodni. Na przedpolach pasm: Zarawszańskiego, Hisarskiego i Piotra Pierwszego oraz w południowo-zachodniej części kraju rosną rzadkie ciepłolubne lasy, gdzie występują pistacje i migdałowce. W Pamirze Zachodnim występuje roślinność drzewiasta, gdzie rosną różne gatunki wierzb i topól, jednak te formacje roślinne występują tylko w dolinach rzek. Wysoko w górach powyżej 2500 m n.p.m. rosną łąki wysokogórskie i wysokogórskie stepy i pustynie. Ponad 3000 m n.p.m. tereny te przechodzą w nagie skały i wieczne śniegi.
Fauna Fauna jest charakterystyczna dla Regionu Środkowoazjatyckiego. W górach żyją koziorożce syberyjskie, markury i dzikie owce. Z drapieżników nielicznie występuje irbis, a także ptaki drapieżne jak orzeł przedni i sęp himalajski. W lasach żyją jelenie, niedźwiedzie brunatne, wilki oraz rysie i różne gatunki ptaków jak na przykład sowy i liczne ptaki śpiewające.