Po klęsce wypraw krzyżowych maronici stali się celem najcięższych w swej historii prześladowań ze strony muzułmanów – najpierw egipskich Mameluków (1291–1516), a następnie Turków osmańskich (1516–1919). W dodatku między 1260 a 1303 Liban został czterokrotnie najechany przez Mongołów. Chroniąc się przed wojną, maronici ponownie wycofali się w górskie doliny, gdzie żyli przemieszani z szyitami i druzami. Zachowali organizację patriarchalno-biskupią. Administrację cywilną sprawowali starsi poszczególnych wsi (arab. mukaddam, l.mn. mukaddimin). W 1440 roku patriarchowie przenieśli się w dolinę Kannoubine.
Nowożytność Na synodzie w Kannoubine w 1580 roku kościół maronicki przyjął naukę soboru trydenckiego. W 1606 roku pod wpływem Rzymu maronici przyjęli kalendarz gregoriański.
W wyniku zabiegów jezuity Jana Eliano w 1584 roku papież Grzegorz XIII ustanowił w Rzymie Kolegium Maronickie, w którym wykształciło się wielu znakomitych maronitów duchownych i świeckich, między innymi patriarcha Stefan Douaihy z Ehden (zm. 1704), bibliotekarz watykański Giuseppe Simone Assemani, profesor paryskiego Kolegium Królewskiego Gabriel z Syjonu, uczony Mirhej ben Namroun. Kolegium Maronickie stało się maronickim oknem na świat.