Windows 3.1 używa zaktualizowanych wersji tych ikon.
Przeciągnięcie plików wykonywalnych z Menedżera plików do Menedżera programów powodowało automatyczne użycie domyślnej ikony wbudowanej w pliku . Dodatkowo, Program instalacyjny Windows, tworzący standardowe ikony w trakcie świeżej instalacji, mógł być użyty do hurtowego dodania ikon po zainstalowaniu systemu. Polecenie z wiersza poleceń pozwalało na instalację określonego zestawu ikon na wielu maszynach (przykładowo w środowisku biurowym) dzięki plikowi konfiguracyjnemu .
Począwszy od Windows 3.1, Menedżer programów zawierał grupę Autostart. Programy i pliki umieszczone w niej były automatycznie uruchamiane z systemem Windows.
Przytrzymanie wciśniętego klawisza przy wybieraniu polecenia Zakończ Windows z menu Plik spowoduje zapisanie aktualnej konfiguracji Menedżera programów do pliku , w tym informacji o położeniu wszystkich ikon grup programów pod warunkiem wyłączonego automatycznego rozmieszczania. Dzięki temu testerzy z Microsoftu mogli sprawdzać wiele różnych konfiguracji. Funkcja ta pozostała w finalnej wersji, która trafiła do sprzedaży.