Zakon Bonifratów w Warszawie – warszawski Zakon Szpitalny Świętego Jana Bożego (OH) znajdujący się przy ul. Bonifraterskiej z siedzibę w budynku kościoła św. Jana Bożego, wybudowanego przez króla Augusta II Mocnego.
Historia Zakonu Ojcem tego zakonu jest św. Jan Boży. W 1572 roku papież Pius V zatwierdził nową rodzinę zakonną - Zakon Szpitalny św. Jana Bożego. Od tego czasu zakon rozszerzał swą działalność i w 1609 Bonifratrzy przybyli do Polski. Kuria Generalna Zakonu w Rzymie 3 kwietnia 1922 roku wydała dekret o restytuowaniu prowincji polskiej, której prowincjałem został o. Jacek Misiak. Okres międzywojenny zakonnicy wykorzystali na modernizację szpitali i uruchamiali gabinety lekarskie. Natomiast podczas II wojny światowej zmuszeni byli opuścić większość szpitali, a jedynie pozostał im szpital krakowski. Szpital ten wykorzystywano dla całej ludności polskiej, a Bonifratrzy nie ustawali z pomocą biednym i poszukiwanym przez gestapo. W ciągu czterdziestolecia PRL-u załamało się prawie całe dzieło pracy braci. Szpitale upaństwowiono, a ich odsunięto od posługi dla chorych. Mimo to bracia zakonni zawsze znajdowali drogę, by pomagać innym. W 1997 odzyskali swój szpital w Krakowie, Łodzi i Marysinie.