Istniejący gabinet podał się do dymisji, a tymczasowym szefem państwa i nowego rządu przejściowego została jedna z liderek opozycji, Roza Otunbajewa. 15 kwietnia 2010 pod naciskiem międzynarodowym ze strony OBWE, Rosji i Stanów Zjednoczonych Bakijew opuścił Kirgistan, odlatując do sąsiedniego Kazachstanu, skąd na piśmie przedłożył nowym władzom oficjalną rezygnację ze stanowiska szefa państwa. 19 kwietnia 2010 udał się na Białoruś, gdzie schronienia udzielił mu prezydent Alaksandr Łukaszenka.
Rząd tymczasowy oskarżył Bakijewa o organizację masowego zabójstwa i nadużycia władzy. 22 kwietnia 2010 ogłosił plan opracowania nowej konstytucji, poddania ją pod głosowanie w powszechnym referendum w czerwcu oraz organizację wyborów parlamentarnych w październiku 2010, a następnie wyborów prezydenckich. W połowie maja 2010 na południu kraju doszło do starć zwolenników i przeciwników obalonego prezydenta, a w czerwcu 2010 do krwawych zamieszek kirgisko-uzbeckich.