Krzekotowice w 1510 roku były jeszcze dużą wsią z dwudziestoma kmieciami, dwoma sołectwami, zamienionymi później na gospodarstwa kmiece. Wieś szlachecka położona była w 1580 roku w powiecie kościańskim województwa poznańskiego w Rzeczypospolitej Obojga NarodówAdolf Pawiński, Polska XVI wieku pod względem geograficzno-statystycznym, Wielkopolska t. I, Warszawa 1883, s. 80.. Po „potopie” szwedzkim w 1667 roku na 10 łanach osadzono nowych kmieci. Wieś powoli się dźwigała. W 1789 roku było tu 31 dymów (gospodarstw domowych) i ta liczba utrzymywała się do końca XVIII wieku.
Wskutek II rozbioru Polski w 1793, miejscowość przeszła pod władanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815-1848) miejscowość należała do wsi większych w ówczesnym pruskim powiecie Kröben (krobskim) w rejencji poznańskiej. Krzekotowice należały do okręgu krobskiego tego powiatu i stanowiły odrębny majątek, którego właścicielem była wówczas (1846) Bojanowska. Według spisu urzędowego z 1837 roku wieś liczyła 279 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 24 dymy (domostwa). W skład majątku Krzekotowice wchodziła także kolonia Magdalenowo (dziś Magdalenki).