Budowa płata czołowego jest podobna jak u innych australopiteków, jednak można dostrzec w niej zapowiedzi reorganizacji nerwowej, która miała miejsce podczas ewolucji Australopithecus i Homo, takie jak przesunięcie opuszki węchowej ku tyłowi. Widoczna jest również asymetria między prawą i lewą półkulą, co wskazuje na ich specjalizację, typową dla Homo.
Pozycja filogenetyczna Berger i współpracownicy spekulują, że A. sediba powstał z A. africanus w wyniku kladogenezy około 3–2,4 mln lat temu. Ze względu na liczne cechy zaawansowane łączące A. sediba z wczesnymi przedstawicielami rodzaju Homo, autorzy sugerują, że może on być przodkiem tego rodzaju lub jego bliskim krewnym. Stwierdzają jednak, że nie można precyzyjnie ustalić pozycji filogenetycznej A. sediba. Według analizy przeprowadzonej przez Thackeraya istnieje stosunkowo duże prawdopodobieństwo, że okaz MH1 jest konspecyficzny (należy do tego samego gatunku) z A. africanus lub Homo habilis. Wspierają to szczególnie cechy budowy czaszki. Niektórzy naukowcy uważają, że A. sediba powinien zostać włączony do rodzaju Homo, jednak inni nie zgadzają się z taką interpretacją, gdyż wymagałoby to przedefiniowania tego rodzaju.