Ponadto w okresie od 10 marca do 26 kwietnia 1919 był instruktorem i wykładowcą fortyfikacji na kursie dla oficerów technicznych piechoty i artylerii w Modlinie.
Dwudziestolecie międzywojenne mały|Tablica na ścianie budynku przy ul. Żelaznej 33 w Kielcach, w którym mieszkał Stefan Rowecki w latach 1938–1939 W listopadzie 1918 wstąpił do tworzącego się Wojska Polskiego, a gdy utworzono niepodległe państwo polskie, uczestniczył w rozbrajaniu okupantów niemieckich. Od 16 czerwca do 30 listopada 1919 był słuchaczem I Kursu Wojennej Szkoły Sztabu Generalnego w Warszawie. W 1920 walczył na wojnie z bolszewikami, m.in. jako szef Oddziału II Sztabu Frontu Południowo-Wschodniego i Grupy Uderzeniowej generała porucznika Edwarda Rydza-Śmigłego.
W latach 1921–1922 był słuchaczem I Kursu Doszkolenia w Wyższej Szkole Wojennej w Warszawie. Po ukończeniu kursu i uzyskaniu tytułu oficera Sztabu Generalnego został przydzielony do Wojskowego Instytutu Naukowo-Oświatowego na stanowisko szefa Wydziału I Naukowego, sprawując tę funkcję w latach 1923–1926. W latach 1921–1926 był również oficerem Biura Ścisłej Rady Wojennej. 1 grudnia 1924 roku został awansowany na podpułkownika ze starszeństwem z dniem 15 sierpnia 1924 roku i 98. lokatą w korpusie oficerów piechoty.