Zginęła 10 kwietnia 2010 w wyniku katastrofy polskiego samolotu Tu-154M w Smoleńsku w drodze na obchody 70. rocznicy zbrodni katyńskiej. 19 kwietnia została pochowana na Starym Cmentarzu w Łodzi. W nocy z 23 na 24 kwietnia 2018 jej ciało zostało ekshumowane pomimo sprzeciwu rodziny. W dniu ekshumacji jej bliscy i znajomi zorganizowali na cmentarzu spontaniczny protest. Naczelna Rada Adwokacka przyjęła uchwałę wyrażającą sprzeciw wobec tej ekshumacji. Joanna Agacka-Indecka została ponownie pochowana na tym samym cmentarzu 9 maja 2018.
Życie prywatne Była żoną prawnika Krzysztofa Indeckiego i matką Katarzyny.
Odznaczenia, wyróżnienia i upamiętnienie W 2009, za wybitne zasługi dla adwokatury polskiej, za osiągnięcia w pracy zawodowej i działalności społecznej, została odznaczona Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.. W 2007 otrzymała Wielką Odznakę „Adwokatura Zasłużonym”.
W 2010 pośmiertnie odznaczono ją Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski.. Również w 2010 została pośmiertnie uhonorowana przez Krajową Radę Sądownictwa Medalem „Zasłużony dla Wymiaru Sprawiedliwości – Bene Merentibus Iustitiae”, także wyróżniona Srebrnym Medalem Pamiątkowym Ministra Sprawiedliwości.