Następnie został podobozem KL Sachsenhausen, a w 1941 roku stał się podobozem KL Neuengamme.
Oficjalna nomenklatura nazywała Esterwegen „obozem karnym dla więźniów”, a nie koncentracyjnym/zagłady, w praktyce jednak niczym obóz ten nie odróżniał się od innych nazistowskich obozów (stosowanie tortur, terroru, wyniszczenia przez ciężką pracę, wygłodzenie, morderstwa na więźniach, choroby itp.).
Od początku obóz składał się z trzech dużych części (Doppellager, Lager II i Lager III). Więźniowie byli wykorzystywani w pierwszych latach do ciężkiej pracy rolnej na okolicznych bagnach. Podczas II wojny światowej pracowali niewolniczo również w przemyśle zbrojeniowym Niemiec.
W 1936 około tysiąca więźniów skierowano stąd do budowy KL Sachsenhausen.
Obóz nie posiadał komór gazowych ani krematoriów, wielkie masowe groby były wykopane w pobliskim lesie.
Więźniowie i ofiary W początkowym okresie więźniami była przede wszystkim antyfaszystowska opozycja polityczna, jak i intelektualiści niemieccy. W miarę rozwoju reżimu nazistowskiego kierowano do obozu również osoby uznane za „zbędne”: przestępców, homoseksualistów, Świadków Jehowy.