W 1647 roku Peter Pett został mianowany drugim komisarzem do spraw floty w Chatham, obejmując obok dotychczasowych spraw projektowych, funkcje administracyjne. W czasie Republiki Angielskiej (Commonwealth of England, 1649–1660), Pett, dysponujący dużą wiedzą i doświadczeniem, nadal pracował nad wieloma projektami okrętów dla floty Commonwealthu, takimi jak wodowana w Deptford w 1650 fregata III rangi "Fairfax" (należąca do typu Speaker) oraz fregata IV rangi "Ruby" (wodowana w Deptford w 1651). Potwierdzeniem umiejętności Petta jako szkutnika była budowa flagowego okrętu okresu Protektoratu, liniowca I rangi "Naseby" (późniejszy HMS "Royal Charles" (1655) – bardzo udanego jako żaglowiec (według ówczesnych opisów „nadzwyczajny okręt w swojej kategorii, wybijający się w większości przymiotów”).
Po restauracji monarchii w Anglii w 1660 roku Peter Pett zachował swoje stanowisko i kontynuował karierę jako urzędnik królewski. Podczas drugiej wojny angielsko-holenderskiej, w 1667 roku miał miejsce atak na Medway, katastrofalny dla angielskiej floty. Peter Pett, oskarżony o niedopełnienie obowiązków i obwiniany za niedostateczną ochronę floty w Chatham, został zmuszony do ustąpienia ze stanowiska komisarza floty.