13 kwietnia marines dokonali ataku na powstańców zgromadzonych w meczecie. W wyniku bombardowania z powietrza, towarzyszącemu uderzeniu lądowemu, meczet został zniszczony, co wywołało publiczne oburzenie. Dwa dni później amerykański F-16 zrzucił bombę ważącą 920 kg w północnym sektorze Faludży.
W czasie zawieszenia broni wydawało się, że jest wdrażany plan współpracy USA z nowymi siłami irackimi. Z czasem układ ten uległ pogorszeniu, Faludża pozostała największym bastionem irackich powstańców. W kolejnych miesiącach w skład sunnickich bojówek wchodziły członkowie posaddamowskiej partii Baas oraz watażkowie powiązani z działalnością przestępczą i radykalnymi grupami Wahhabi.
27 kwietnia rebelianci zaatakowali pozycje USA, zmuszając Amerykanów do skorzystania ze wsparcia lotniczego.