od 1990 do 1998 zajmował w niej stanowisko dyrektora Biura Studiów i Analiz. Następnie przez blisko dwa lata był dyrektorem generalnym Kancelarii Prezesa Rady Ministrów (gdy funkcję premiera sprawował Jerzy Buzek). W 2000 został dyrektorem programowym Polsko-Amerykańskiej Fundacji Wolności. W 2008 wszedł w skład rady redakcyjnej dwumiesięcznika „Nowa Europa Wschodnia”.
10 kwietnia 2010 wykonujący obowiązki prezydenta RP Bronisław Komorowski powołał go na stanowisko sekretarza stanu w Kancelarii Prezydenta RP oraz powierzył mu pełnienie obowiązków szefa Kancelarii Prezydenta RP., a postanowieniem z 6 lipca tego samego roku mianował go z dniem 7 lipca szefem tego urzędu.. 7 sierpnia 2015 został odwołany ze stanowiska szefa KPRP..
W latach 2015–2016 był prezesem zarządu Edukacyjnej Fundacji im. Romana Czerneckiego, później został przewodniczącym jej rady programowej. Powoływany był m.in. w skład rad Instytutu Bronisława Komorowskiego oraz Fundacji Inna Przestrzeń. Wykładał w Collegium Civitas w Warszawie. Był też doradcą ds. społecznych ministra sprawiedliwości Adama Bodnara (do 2025).
Życie prywatne Prawnuk lekarza i powstańca styczniowego Antoniego Michałowskiego, syn Mariana.