Wiosną 1993 doznał skomplikowanego złamania kości piszczelowej, które na prawie rok przerwało jego karierę. Po powrocie do pełnego zdrowia, w sezonie 1994/1995, piłkarz zagrał w 30 meczach drugiej ligi. Pomimo gry w formacjach defensywnych strzelił sześć goli, m.in. w meczach z Pomezanią Malbork czy Błękitnymi Kielce. Jego wysoka skuteczność nie pomogła jednak Motorowi ponownie awansować do pierwszej ligi – zespół uplasował się na 5 miejscu w tabeli, zaś promocję wywalczyły GKS Bełchatów i Siarka Tarnobrzeg.
Na początku rundy jesiennej sezonu 1995/1996 rozegrał cztery ligowe mecze, po czym przeszedł do Polonii Warszawa. Ze stołecznym klubem, który wówczas rozpoczynał okres swoich największych sukcesów, wywalczył awans do pierwszej ligi. Po uzyskaniu promocji odszedł jednak z zespołu i podpisał kontrakt z Hetmanem Zamość. Pół roku później przeniósł się do Stali Stalowa Wola, a następnie powrócił do swojego macierzystego klubu – Avii Świdnik, z którą ponownie grał na zapleczu pierwszej ligi. W 1998 podpisał kontrakt ze Stilonem Gorzów, rozegrał 14 spotkań i zdobył 1 bramkę. Po zakończeniu sezonu 1998/1999 Prokop na krótko związał się z Koroną Kielce. W 2000 wyjechał do Stanów Zjednoczonych, gdzie przez półtora roku występował w polonijnym klubie Olympia Stamford SC, którego zawodnikami byli wówczas m.in.