Najdłuższa współpraca spośród partnerów ze Wschodu, od końca lat 90., łączy PNWM właśnie z Ukrainą, między innymi dzięki aktywności polskich instytucji partnerskich PNWM. Początkowo projekty trójstronne z krajami Partnerstwa Wschodniego były dofinansowywane ze środków własnych PNWM. Od 2014 roku, we współpracy z niemieckim Ministerstwem Spraw Zagranicznych, PNWM dotuje rozwój ze społeczeństwem obywatelskim w krajach Partnerstwa Wschodniego oraz od 2016 roku – w Rosji. Dofinasowanie mogą otrzymać projekty trójstronne z Armenią, Azerbejdżanem, Białorusią, Gruzją, Republiką Mołdawii, Ukrainą lub Rosją, realizowane w Niemczech lub w kraju trzecim, a także programy służące wzmocnieniu współpracy partnerskiej pomiędzy zaangażowanymi w nie krajami. Wspieranie projektów trójstronnych odbywa się we współpracy z innymi instytucjami bilateralnymi, zajmującymi się wymianą młodzieży, jak Francusko-Niemiecka Współpraca Młodzieży, ConAct – Centrum Koordynacji Izraelsko-Niemieckiej Wymiany Młodzieży, Tandem – Centrum Koordynacji Czesko-Niemieckiej Wymiany Młodzieży oraz Fundacja Rosyjsko-Niemiecka Wymiana Młodzieży. Ponadto PNWM współpracuje z instytucjami wspierającymi nie tylko trójstronną, ale także wielostronną współpracę młodzieży, jak IJAB – Biuro ds.