Rywalizacja z Danią, wojny Hanzy z ościennymi wrogami, jej upadek czy też reformacja nie przyczyniły się do upadku miasta oraz jego niezależności. W 1615 Lubeka rozbudowała swój dotychczasowy system umocnień. Prace prowadzono według projektów budowniczych holenderskich Johanna von Ryswycka oraz Johana van Valckenburgha, którzy wznieśli na przedpolach murów miejskich zespół fortyfikacji z charakterystycznymi dla tego okresu bastejami. Rozwój budowlany w dobie nowożytnej był niewielki w stosunku do późnego średniowiecza.
Znaczne zmiany w architekturze historycznego centrum nastąpiły w XIX wieku, kiedy to wyburzono część klasztorów i kościołów (m.in. Dominikanów, Benedyktynów oraz Św. Jana i Św. Marii Magdaleny). Nastąpiła częściowa regotycyzacja zabudowy, w ramach jej powstało szereg ceglanych budynków przystosowanych do współczesnych funkcji. Dziełami architekta Adolfa Schwieninga są m.in. gmachy szkoły sportowej, sądu oraz nowego gmachu historycznego Gimnazjum Św. Katarzyny zw. Katharineum. W II połowie XIX i poczaku XX wieku wyburzono wiele późnogotyckich kamienic na rzecz zabudowy czynszowej. Ostatnim dramatem w dziejach Starego Miasta była noc Niedzieli Palmowej 1942, w wyniku nalotu brytyjskiego zabudowa została poważnie zniszczona. Odbudowa miasta trwająca do lat 70. XX w.