Po samobójczej śmierci Josepha Goebbelsa, prezydent III Rzeszy Karl Dönitz (wyznaczony bez podstaw prawnych przez Adolfa Hitlera na swojego następcę w charakterze głowy państwa) desygnował go na stanowisko kanclerza Niemiec, jednak Schwerin von Krosigk odmówił objęcia tego urzędu. Został ministrem spraw zagranicznych, ministrem finansów i „kierującym ministrem” z władzą kanclerza. Urząd pełnił od 1 do 23 maja 1945 roku we Flensburgu (który był jednocześnie siedzibą prezydenta, rządu i Naczelnego Dowództwa Wehrmachtu), kiedy to on i jego rząd zostali aresztowani przez Brytyjczyków, na żądanie Sowietów. Za formalny koniec jego (z punktu widzenia niemieckiego prawa i tak niebyłego) urzędowania można uznać przejęcie 5 czerwca 1945 r. władzy najwyższej nad Niemcami przez głównodowodzących wojsk alianckich (patrz: Sojusznicza Rada Kontroli Niemiec). Po aresztowaniu był przetrzymywany w przekształconych na więzienie koszarach Flak-Kaserne Ludwigsburg. Skazany na 10 lat więzienia w tzw.