Po ceremonii kondukt żałobny przejechał ulicami Żwirki i Wigury, Andrzeja Krzyckiego, Raszyńską, Alejami Jerozolimskimi, Marszałkowską, Senatorską, Miodową i Krakowskim Przedmieściem do Pałacu Prezydenckiego. Na całej trasie przejazdu prezydenta Kaczyńskiego żegnały tłumy ludzi, było to ok. 700–800 tysięcy osób. Po przyjeździe na miejsce ciało zostało umieszczone w kaplicy Pałacu Prezydenckiego.
Powrót ciała małżonki prezydenta do Polski Ciało Marii Kaczyńskiej wstępnie zidentyfikowano 12 kwietnia w Centralnym Biurze Ekspertyz Medyczno-Sądowych w Moskwie, m.in. na podstawie obrączki z wygrawerowanym imieniem męża. Tego samego dnia ostatecznej identyfikacji dokonał brat Marii Kaczyńskiej.
Rankiem 13 kwietnia trumna z ciałem małżonki prezydenta odleciała z moskiewskiego lotniska samolotem wojskowym CASA w kierunku granic Polski. Przed południem na stołecznym lotnisku Okęcie odbyła się ceremonia przywitania zmarłej, która miała charakter rodzinny. Po ceremonii kondukt z ciałem przejechał ulicami Warszawy (identyczną trasą jak 11 kwietnia) do Pałacu Prezydenckiego.