17:30 trumny Lecha i Marii Kaczyńskich zostały wyprowadzone z Pałacu Prezydenckiego i w kondukcie żałobnym przewiezione do bazyliki archikatedralnej św. Jana Chrzciciela, w której odprawiono mszę; mszy przewodniczył abp Kazimierz Nycz, kazanie wygłosił Prymas Polski abp Henryk Muszyński. Po nabożeństwie przy trumnach odbyło się całonocne czuwanie.
Początkowo planowano przetransportować ciała pary prezydenckiej specjalnym pociągiem żałobnym do Krakowa (nawiązując w ten sposób do przebiegu pogrzebu Piłsudskiego), o co wnioskował były przewodniczący kolejarskiej Solidarności senator Stanisław Kogut. Rodzina zmarłych nie podjęła jednak tej inicjatywy.
Około godz. 7:00 18 kwietnia 2010 trumny z ciałami prezydenta i jego małżonki zostały przewiezione z katedry do Wojskowego Portu Lotniczego na Okęciu. Po ceremonii ich pożegnania na płycie lotniska zostały przetransportowane drogą powietrzną na lotnisko Kraków-Balice.
W Krakowie Z lotniska Balice przejazd konduktu nastąpił ulicami Krakowa: Księcia Józefa, Tadeusza Kościuszki, Zwierzyniecką, Franciszkańską i Grodzką na Rynek Główny.