W XVI wieku zamek ponoć stał się siedzibą rycerzy rozbójników, co doprowadziło do akcji militarnej wojsk królewskich Zygmunta I Starego, które zdobyły zamek w 1532 roku. Zniszczony w pożarze w 1589 roku, odbudowany w 1590 roku. W 1595 roku zamek administracyjnie należał do powiatu śląskiego województwa krakowskiego i był własnością kasztelana wiślickiego Mikołaja LigęzyWojewództwo krakowskie w drugiej połowie XVI wieku ; Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 2008, s. 111.. Zamek podczas Potopu został zajęty w 1655 roku przez oddziały szwedzkie komendanta Krakowa Paula Würtza i następnie spalony podczas wycofywania w 1657.
W 1771 roku konfederaci barscy zaczęli budować fortyfikacje ziemne wokół ruin zamku i wsi. Pod koniec XVIII w. Ewaryst Andrzej, hr. Kuropatnicki w swym "Opisaniu królestw Galicyi i Lodomeryi" podawał: Bobrek. Którego zamku konfederaci dla wojsk austriackich dotrzymali, jest dziedziczny hrabiów Wielopolskich. W XVIII wieku wzmiankowano, że zamek jest w ruinie i stoi na kępie pośród mokradeł. Na mapie Friedricha von Miega z lat 1779–1783 zaznaczono, że zamek Boberek wznosił się na czworobocznym pagórku i jego mury były zbudowane na planie kwadratu.