Kiedy wydawało się, że powyższy podział przetrwa dłuższy czas, postanowiono na nowo ulepszyć strukturę administracyjną Kościoła Polskokatolickiego. Decyzja w tej sprawie zapadła pod koniec 1959, natomiast weszła w życie na początku kolejnego, kiedy bp Maksymilian Rode powiadomił księży o nowym podziale administracyjnym na 11 dekanatów. W 1961 na mocy dekretu wydanego 23 marca bp Rode doprowadził do utworzenia trzech jednostek wyższego rzędu tj. diecezji. Archidiecezja warszawska składała się z dekanatów: warszawskiego, lubelskiego, zamojskiego, bydgoskiego i gdańskiego; diecezja wrocławska składała się z dekanatów: wrocławsko-opolskiego, poznańsko-zielonogórskiego i szczecińsko-koszalińskiego; w skład diecezji wrocławskiej weszły dekanaty krakowski, bolesławski, kielecki i rzeszowski.
Na początku XXI wieku w konsekwencji reformy administracyjnej Polski (1999) oraz spadającej liczby parafii przeprowadzono długo oczekiwaną reformę podziału dekanalnego Kościoła Polskokatolickiego, w wyniku której uległy likwidacji dekanaty z siedzibą w: Boguszowie-Gorcach, Bolesławiu, Elblągu, Gdańsku, Lesznie, Łodzi, Majdanie Leśniowskim, Ostrowie Wielkopolskim, Tarnogórze, Warszawie i Żarach.