W roku 1100 hrabia Rodrigo González Girón zasiedlił osadę na nowo, głównie przybyszami z Leónu, Zamory, Segowii y Ávili. Od jego imienia pochodzi współczesna nazwa miasta. Za prawdziwego restauratora Ciudad Rodrigo uważa się jednak Ferdynanda II, króla Leónu, który w XII wieku otoczył je murami celem obrony przed Maurami oraz swoim teściem – Alfonsem I Zdobywcą, pierwszym królem Portugalii. Nadał on też mieszkańcom liczne przywileje, założył biskupstwo i zapoczątkował budowę katedry. W XIII stuleciu z polecenia Henryka II Trastámara zostaje zbudowany zamek. XV i XVI wiek to okres największego rozkwitu miasta – powstaje wtedy szereg budowli sakralnych, pałaców i kamienic. Kolejne dwa stulecia to czas stagnacji gospodarczej i zniszczeń spowodowanych portugalską wojną restauracyjną i wojną o hiszpańską sukcesję. Ze względu na znaczenie strategiczne, jakie miasto odegrało w czasie tych wojen, rozbudowano jego fortyfikacje przekształcając miasto w silną twierdzę na pograniczu hiszpańsko-portugalskim. Odpowiednikiem Ciudad Rodrigo po drugiej stronie granicy jest portugalskie miasto-twierdza Almeida.