Powstałe w XIX wieku wątpliwości dotyczące autentyczności ksiąg VII–IX nie zostały potwierdzone.
W starożytności powstała legenda, jakoby mecenasem Arystotelesa podczas tworzenia jego "Zoologii" był jego dawny wychowanek, Aleksander Macedoński, który miał w tym celu ofiarować mu 800 talentów. Według tej tradycji Aleksander miał mu również dostarczyć wartościowych informacji o egzotycznych zwierzętach spotykanych podczas podbojów, takich jak słoń indyjski. Legenda ta, wsparta autorytetem Pliniusza Starszego, została współcześnie podważona. Kwota donacji przekraczałaby kilkukrotnie roczne dochody Macedonii. Ponadto, w okresie panowania Aleksander był z Arystotelesem poróżniony (m.in. sprawą Kallisthenesa). Dzieło Arystotelesa powstało najprawdopodobniej w ogóle przed podbojami Aleksandra, ewentualne dodatki mogły zaś zostać dodane później. Poza tym, podboje Aleksandra nie były jedynymi kontaktami świata greckiego z egzotycznymi krainami, a opis słonia sugeruje raczej znajomość słonia afrykańskiego niż indyjskiego. Legenda o współpracy Arystotelesa-przyrodnika i Aleksandra-odkrywcy prawdopodobnie miała na celu apologię ich obu.