Cele Celem olimpiady jest kształtowanie wśród młodzieży świadomości ekologicznej i odpowiednich postaw względem środowiska przyrodniczego a także budzenie i rozwijanie zainteresowań przyrodniczych. Olimpiada ma za zadanie pobudzać aktywność badawczą, inspirować do podejmowania inicjatyw działań praktycznych na rzecz ochrony przyrody, poprawy stanu środowiska, krajobrazu oraz warunków życia ludzi.
Struktura Olimpiada składa się z trzech etapów: I etap: eliminacje szkolne – polegają na rozwiązaniu testu składającego się z 50 zadań opracowanych przez Komitet Główny Olimpiady. II etap: eliminacje okręgowe – są dwu częściowe, najpierw uczestnicy rozwiązują test z 50 zadaniami przygotowanymi przez Komitet Główny Olimpiady, 12 uczestników, którzy uzyskali najlepsze rezultaty kwalifikuje się do części ustnej, w której uczestnik losuje zestawy sześciu pytań problemowych. Do dalszego etapu kwalifikuje się siedmiu najlepszych. III etap: eliminacje krajowe (centralne) – ich zadaniem jest wyłonienie finalistów i laureatów Olimpiady Ekologicznej. Polegają one na przeprowadzeniu części pisemnej składającej się z testu zawierającego 50 zadań. Wyłanianych jest 10 najlepszych uczestników (należy uzyskać minimum 70% poprawnych odpowiedzi), którzy przystępują do części ustnej złożonej z sześciu pytań.