W 2013 otrzymał tytuł profesora nauk humanistycznych.
Od 1994 jest pracownikiem Instytutu Studiów Politycznych PAN, od 1995 równocześnie członkiem zespołu Ośrodka Badań nad Migracjami Uniwersytetu Warszawskiego. W latach 1998–2013 był wykładowcą (w latach 2001–2011 także prorektorem ds. współpracy międzynarodowej) Collegium Civitas. 1 marca 2014 został dyrektorem Muzeum Historii Żydów Polskich. W związku z przypadającym w 2019 końcem jego kadencji, minister kultury i dziedzictwa narodowego Piotr Gliński nie zgodził się na postulowane przez dwie pozostałe instytucje współprowadzące muzeum prezydenta Warszawy i Stowarzyszenie ŻIH przedłużenie mu kontraktu bez konkursu. W maju tego roku komisja konkursowa konkursu na dyrektora Polin wybrała go na kolejną kadencję. Mimo to, minister Gliński nie powołał go na to stanowisko, zarzucając mu zaangażowanie polityczne, czemu on sam stanowczo zaprzeczał.
Wykłada historię współczesną i prowadzi badania na temat migracji międzynarodowych w XX w., Zagłady Żydów i stosunków polsko-żydowskich, reżimu komunistycznego w Polsce i pamięci społecznej. Jest autorem lub współautorem 10 książek i ponad 150 artykułów naukowych.