Odznaczenia i wyróżnienia 8 marca 2013 r. – za wybitne zasługi w badaniu, dokumentowaniu i upamiętnianiu historii Marca '68, z okazji 45. rocznicy tych wydarzeń, został udekorowany przez prezydenta Bronisława Komorowskiego Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski., a w 2015 r. Krzyżem Kawalerskim Orderu Lwa Finlandii i belgijskim Orderem Leopolda (Oficer). W 2025 roku, podczas posiedzenia Międzynarodowej Rady Oświęcimskiej, otrzymał przyznawany przez ministra kultury i dziedzictwa narodowego srebrny Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”.
Otrzymał Medal Uniwersytetu Warszawskiego i Medal Powstania w Getcie Warszawskim, przyznany przez Stowarzyszenie Kombatantów Żydowskich, a za działalność w niezależnym ruchu wydawniczym odznakę „Zasłużony Działacz Kultury”. Za swe książki otrzymał m.in.: dwukrotnie nagrodę tygodnika „Polityka”, nagrodę im. Edwarda Raczyńskiego (Polskiej Fundacji Kulturalnej w Londynie), nagrodę Towarzystwa Miłośników Historii i nagrodę kwartalnika „Dzieje Najnowsze”.
W 2024 został członkiem Academia Europaea.
Wybrane publikacje Druki zwarte Kraj bez wyjścia?