Komórki organizacyjne komendy oddziału Wydział Graniczny Wydział Operacyjno-Śledczy Wydział do Spraw Cudzoziemców Wydział Koordynacji Działań Wydział Łączności i Informatyki Wydział Budownictwa i Gospodarowania Nieruchomościami Wydział Transportu Wydział Zaopatrzenia Materiałowego Wydział Zabezpieczenia Działań Służba Zdrowia Nadwiślańskiego Oddziału Straży Granicznej z siedzibą w Warszawie Pion Głównego Księgowego Wydział Kadr i Szkolenia Wydział Ochrony Informacji Wydział Analiz, Informacji i Współpracy Międzynarodowej Wydział Kontroli i Audytu Wewnętrznego Ośrodek Konferencyjno-Szkoleniowy Straży Granicznej w Otwocku Strzeżony Ośrodek dla Cudzoziemców w Lesznowoli Wydział Zabezpieczenia Technicznego.
Placówki NwOSG Stan z 1 września 2013: Placówka Straży Granicznej Warszawa-Okęcie im. gen. bryg. Waleriana Czumy Przejście graniczne Warszawa-Okęcie (lotnicze) Placówka Straży Granicznej w Warszawie (od 17 października 2018) Placówka Straży Granicznej w Bydgoszczy Przejście graniczne Bydgoszcz (lotnicze) Placówka Straży Granicznej w Łodzi im. gen. bryg. Józefa Adama Pecki Przejście graniczne Łódź-Lublinek (lotnicze) Placówka Straży Granicznej Warszawa-Modlin im. płk.