W styczniu 2004 roku Bautista został zawodnikiem Chivas de Guadalajara. W drużynie tej przebywał do czerwca 2007 roku. W tym okresie zdołał z nią wywalczyć mistrzostwo Apertura 2006 oraz wicemistrzostwo Clausura 2004. W meksykańskiej Primera División rozegrał ponad 100 spotkań w barwach Chivas. Następnym jego klubem był Jaguares de Chiapas. Trafił tu dokładnie 4 sierpnia 2007 roku za 5 milionów dolarów. W zespole Jaguares Bautista założył dość nietypowy jak na napastnika numer 1.
W grudniu 2009 roku Bautista powrócił do zespołu Chivas de Guadalajara. Doszedł z tą ekipą do finału Copa Libertadores 2010. Ostatecznie nie spełnił jednak pokładanych w nim nadziei i latem 2011 został oddany na wypożyczenie do Querétaro. Także tam nie zawsze pojawiał się na ligowych boiskach w wyjściowym składzie i po fazie Apertura sezonu 2011/2012 rozwiązano z nim umowę.