Chociaż ta sytuacja zakończyła się otwarciem kraju na świat w 1859 roku, Nagasaki przyjęło nową rolę w procesie modernizacji państwa. Miasto zostało otwarte na wolny handel z zagranicą. Przykładem może być działalność Thomasa Glovera (1838–1911), szkockiego kupca, który rozwinął wiele przedsiębiorstw handlowych, czy budownictwa okrętowego. Glover wspierał restaurację Meiji, m.in. sprzedając broń, ale także pomagając młodym Japończykom studiować za granicą. Jeden z nich, Hirobumi Itō, został później pierwszym premierem Japonii.
W 1931 z inicjatywy o. Maksymiliana Kolbego w mieście Nagasaki założono Klasztor Franciszkanów w Nagasaki (jap. Mugenzai no Sono; pol. Ogród Niepokalanej), gdzie rozpoczęto także wydawanie odpowiednika „Rycerza Niepokalanej” w języku japońskim Seibo no Kishi. Pomimo sugestii pozostałych duchownych, aby klasztor umiejscowić w katolickiej dzielnicy Urakami, o. Kolbe zdecydował o jego budowie na stoku jednej z gór otaczających Nagasaki, po przeciwnej stronie niż miasto. Czternaście lat później stok góry osłonił budynek przed falą uderzeniową.