Amerykańska flota podwodna jest jedną z chronologicznie najstarszych flot podwodnych, obok niemieckiej U-Bootwaffe jest flotą podwodną która historycznie odniosła najwięcej sukcesów bojowych, spośród wszystkich flot podwodnych świata. Podwodna gałąź US Navy jest przy tym jedyną, która odniosła strategiczny sukces w prowadzonych przez siebie działaniach bojowych, doprowadzając do gospodarczego upadku imperium japońskiego, pozbawiając Japonię surowców niezbędnych nie tylko do prowadzenia wojny, lecz także fizycznej egzystencji.
W czasach najnowszych nuklearne ramię amerykańskiej floty podwodnej jest nosicielem 65% amerykańskiego potencjału strategicznego odstraszania jądrowego.
Struktura organizacyjna floty podwodnej Amerykańska flota podwodna podlega ogólnemu dowództwu operacyjnemu reprezentowanemu przez szefa operacji morskich (Chief of Naval Operations – CNO), bezpośrednio zaś dowództwu sił morskich Stanów Zjednoczonych (dawniej dowództwo Floty Atlantyku, w tym sił podwodnych ComSubLant), dowódcy sił podwodnych (Commander, Submarine Force) oraz – w odpowiedniej części – dowództwu floty Pacyfiku ComSubPac (Commander, Submarine Force, U.S. Pacific Fleet). Całość sił podwodnych podzielona jest na przypisane do poszczególnych baz marynarki sześć eskadr okrętów podwodnych i pięć grup.