W języku łacińskim stworzył ody (wydane w zbiorze Lyricorum libellus), liczne elegie (Elegiarum libri duo i Elegiarum libri IV – zbiory obejmujące kilkadziesiąt utworów), 123 epigramaty (wydane pod tytułem Foricoenia); jest także autorem panegiryczno-dworskiej sielanki (Dryas Zamchana polonice et latine. Pan Zamchanus latine), łacińskiego epilogu do Odprawy posłów greckich pt. Orpheus Sarmaticus oraz satyry politycznej Gallo crocitanti A’MOIBE’. Do dzisiejszych czasów zachował się jeden autograf napisany przez Kochanowskiego w języku łacińskim, jest to rękopis utworu Dryas Zamchana.... Obecnie znajduje się w zbiorach Biblioteki Narodowej, a jego zdigitalizowaną wersję można obejrzeć w Cyfrowej Bibliotece Narodowej Polona.
Znaczną część swojej twórczości Kochanowski wydał drukiem w Drukarni Łazarzowej, ale korzystał także z usług Andrzeja Piotrowczyka, Mateusza Siebeneychera, Mikołaja Szarffenbergera i Macieja Wirzbięty. Po śmierci niewydaną spuściznę literacką poety opublikował jego przyjaciel, drukarz Jan Januszowski.
Twórczość Kochanowskiego była wielokrotnie wznawiana, zarówno w zbiorach, jak i w osobnych wydaniach. W latach 1884–1897 po raz pierwszy opublikowano zbiór wszystkich zachowanych tekstów poety (Jana Kochanowskiego dzieła wszystkie, pod red.