W 813 roku brał udział w synodzie, na którym przeprowadził uchwałę o upowszechnieniu reguły benedyktyńskiej w klasztorach cesarstwa. Z polecenia Ludwika w 814 został opatem klasztoru w Maursmünster (obecnie Marmoutier) i pierwszym opatem ufundowanego przez nowego cesarza klasztoru w Inden (Indensis, obecnie dzielnica Kornelimünster w Akwizgranie). W 817 przewodniczył zjazdowi opatów w Akwizgranie (niem. Aachen), który odzwierciedlał dość ścisłą centralizację zakonów w tym czasie. Po śmierci Benedykta centralizacja nie utrzymała się długo, wywarła jednak wpływ na późniejszą reformę kluniacką opactwa w Cluny, poczynając od opactwa w Saint-Savin, w którym Benedykt zaczął swoją posługę.
Dzieła Benedykt z Anianu w swojej zakonnej pracy zebrał ówczesne łacińskie reguły w dwóch dziełach: Codex Regularum (zawierający teksty reguł) i Concordia Regularum (fragmenty różnych dzieł w porządku tematycznym). Codex Regularum św. Benedykta zawiera anonimową Regułę Mistrza która, jak sądzono, jest rozbudowaniem reguły św. Benedykta z Nursji, ale na Kongresie Opatów w Rzymie w 1938 roku wysunięto tezę, że Reguła Mistrza jest wcześniejsza i stanowiła wzór dla św.