W ramach projektu finansowane są konsultacje psychologiczne i psychiatryczne, grupy wsparcia, terapie grupowe, ale również zajęcia i warsztaty, które mają na celu rozwinięcie zainteresowań i integrację dzieci, w tym zajęcia ze zwierzętami, zajęcia sportowe, taneczne, plastyczne czy wspólne wycieczki. Program działa na zasadzie konkursu otwartego – organizacje działające na terenie Polski mogą zgłaszać swój udział podczas trwania naboru, a te, których wnioski otrzymały pozytywne opinie, otrzymują dofinansowanie. Do konkursu mogą przystąpić organizacje pozarządowe zarejestrowane w Polsce, które mają doświadczenie w pracy z dziećmi i młodzieżą. Nabór odbywa się raz do roku.
Program Pajacyk finansowany jest ze środków osób indywidualnych, które przekazały swoją darowiznę, w tym odpis 1,5% podatku, a także wspierany jest regularnie przez firmy. Pajacyk kojarzony jest z prowadzoną od lat akcją “klikania w brzuszek”. Poprzez mechanizm na stronie internetowej programu użytkownik może kliknąć w brzuszek figurki i tym samym wspierać Pajacyka. Wsparcie finansowe trafia do programu dzięki reklamom, które wyświetlają się po kliknięciu. Akcja jest na tyle popularna, że Pajacyk na długo zapisał się w pamięci tysięcy osób w całej Polsce.