Warunki hydrologiczne thumb|140px|Jodłownik wpływający do Nysy Kłodzkiej Kłodzko rozwinęło się nad Nysą Kłodzką, będącą największą rzeką ziemi kłodzkiej i stanowiąca dopływ Odry I rzędu. W obrębie miasta uchodzą do niej tylko małe cieki o charakterze potoków, wśród których wyróżnia się Jodłownik, zaliczany do II rzędu. Powyżej niego do Nysy Kłodzkiej wpływa Bystrzyca Dusznicka i Jaszkówkę. Przed samym Kłodzkiem zasilana jest ona jeszcze przez Białą Lądecką, a poza terytorium miasta na północy przez Ścinawkę.
Specyfika położenia Kłodzka oraz zbieg kilku ważniejszych cieków przyczynia się czasem do znacznych szkód na skutek spiętrzenia wód Nysy Kłodzkiej. Do największych powodzi należały te z lat: 1310, 1938 i 1997. W samym mieście rzeka ma umocnione brzegi, których obmurowanie z kamienia sięga w centrum 4 m wysokości. Nysa tworzy tu także Młynówkę, zasilającą kiedyś dwa młyny i wydzielającą Wyspę PiasekKłodzko. Dzieje miasta, op. cit., s. 29..
Gleby Zmienność substratu, z którego utworzone zostały gleby położone w okolicy Kłodzka, jest stosunkowo niewielka. W przeważającej mierze dominują żyzne utwory lessowe.