Począwszy od lat 1943/1944, w związku z wzmożeniem wysiłków wojennych, wiele firm – zwłaszcza o znaczeniu wojskowym przeniosło się w okolice Bawarii i Kraju Sudetów. Wówczas Flossenbürg stał się „obozem macierzystym” dla wielu komand zewnętrznych i podobozów (ok. 60 w samej Bawarii, 43 w Saksonii, 32 w granicach dzisiejszych Czech i jeden na terenie dzisiejszej Polski). Podobozy te odegrały wielką rolę w niemieckim przemyśle wojennym. Więźniowie pracowali dla większości wielkich niemieckich koncernów wspierających wysiłek wojenny III Rzeszy.
9 kwietnia 1945 roku, na dwa tygodnie przed wyzwoleniem zamordowano w obozie członków niemieckiej opozycji antyhitlerowskiej, związanych z zamachem na A. Hitlera z dnia 20 lipca 1944: stracono m.in. Wilhelma Canarisa, Hansa Ostera i Dietricha Bonhoeffera.
20 kwietnia SS zarządziło ewakuację obozu „Marszami Śmierci”. 22 tys. więźniów wymaszerowało w kierunku KL Dachau. Przynajmniej 7 tys. zginęło przed dotarciem do tego obozu. Flossenbürg został wyzwolony 23 kwietnia 1945 przez wojsko amerykańskie. Wówczas w obozie przebywało ok. 1600 najbardziej wycieńczonych więźniów.
Więźniowie i ofiary