Kilka lat później jego matka ponownie wyszła za mąż, ale to dziadek Nimitza był tym, który sprawował nad nim najdłużej opiekę i wychowanie.
W czasie wojny secesyjnej Nimitzowie podobnie jak cały Teksas opowiedzieli się po stronie Konfederacji. Sympatie polityczne i niechęć do Unii pozostały w rodzinie Chestera do czasów jego małżeństwa z Catherine Vance. Podobnie jak większość mieszkańców Fredericksburga, która wciąż kultywowała tradycje niemieckie, Nimitz wychował się jako dziecko dwujęzyczne.
Nimitz już w wieku 8 lat podjął pierwszą pracę – za dolara tygodniowo dostarczał mięso w firmie brata matki. Po ukończeniu szkoły średniej latem 1900 młody Chester rozpoczął starania o możliwość przystąpienia do wstępnych egzaminów do szkoły oficerskiej. Jego początkowa próba wstąpienia do West Point została odrzucona. W ówczesnych Stanach Zjednoczonych obowiązywały limity przyjęć do szkół oficerskich, a każdy wniosek musiał uzyskać akceptację kongresmena z okręgu, z którego miał pochodzić kadet.