w końcu XIV wieku strażnica krzyżacka (blokhauz). Wieś należąca do Mierzei Wiślanej terytorium miasta Gdańska położona była w drugiej połowie XVI wieku w województwie pomorskimMapy województwa pomorskiego w drugiej połowie XVI w.: rozmieszczenie własności ziemskiej, sieć parafialna / Marian Biskup, Andrzej Tomczak. Toruń 1955, s. 129.. Gdy 26 maja 1807 Francuzi zdobyli Gdańsk (zob. oblężenie Gdańska), w bitwie o miasto zasłużyły się oddziały polskie, które pod Wisłoujściem odrzuciły desant nieprzyjaciela.
W połowie kwietnia 1829, podczas jednej z największych powodzi w historii Gdańska, nadmiar wody z Wisły po przebiciu wału spłynął do morza, zabierając po drodze prawie wszystkie domy liczącej 200 mieszkańców wioski Wisłoujście.
W 1905 na obszarze Wisłoujścia mieszkało 1467 mieszkańców. W 1914 tereny Wisłoujścia zostały włączone w granice administracyjne Gdańska.
Po II wojnie światowej, gdy zapadła decyzja o budowie obiektów Siarkopolu, wysiedlono mieszkańców Wisłoujścia. Obszar pełni obecnie funkcje portowo-przemysłowe i należy do okręgu historycznego Port. Do degradacji osiedla przyczyniły się umiejscowione tu zakłady Siarkopolu i G.Z.N.F. - Gdańskie Zakłady Nawozów Fosforowych Fosfory Sp. z o.o.