Po II wojnie światowej stworzył wiele kompozycji, m.in. popularne „Wariacje na temat Paganiniego”. Prowadził klasę kompozycji w Międzynarodowym Instytucie Muzycznym w Berlinie-Zehlendorf. W 1948 został powołany na profesora Wyższej Szkoły Muzycznej w Berlinie Zachodnim () – współcześnie to fakultet (), w 1953 został jej prezesem.
Boris Blacher napisał m.in. 14 oper, 9 baletów, koncerty na fortepian, skrzypce, altówkę, wiolonczelę, trąbkę i klarnet, oraz symfonie, kantaty, utwory chóralne i kameralne oraz pieśni.
W swoich utworach korzystał z własnego systemu „zmiennego metrum”. Większość kompozycji była utrzymana w konwencji atonalnej, lecz dzięki barwnej instrumentacji i pogodnemu nastrojowi cieszyła się powszechnym uznaniem.
W roku 1960 Blacher zajął się muzyką elektroniczną. Interesował się też jazzem. Do jego uczniów należało wielu później sławnych kompozytorów, m.in. Gottfried von Einem, Francis Burt, Klaus Huber i Aribert Reimann. W 1959 odznaczony został Wielkim Krzyżem Zasługi Orderu Zasługi Republiki Federalnej Niemiec, zaś w 1974 roku otrzymał austriacką Odznakę Honorową za Naukę i Sztukę.