Po powrocie drużyny do rodzinnej Karwiny, zespół witało owacyjnie ponad 10 000 Polaków w Karwinie.
W roku 1936, Polonia Karwina odnotowała swój największy sukces w historii gier w rozgrywkach ligi czechosłowackiej. PKS Polonia wygrała wówczas Tesin lige (cieszyńska liga okręgowa) i awansowała do Ligi Morawsko-Śląskiej, jednej z najsilniejszych lig regionalnych w ówczesnej Czechosłowacji.
W roku 1938, Polonia Karwina przybyła ponownie do Warszawy, by spotkać się z zespołem Polonia Warszawa. Ten towarzyski mecz był z uroczystościami powrotu Zaolzia do granic Rzeczypospolitej. Publiczność warszawska owacyjnie przyjęła wtedy zespół Polonia Karwina w stolicy.
W marcu 1939 roku, Polonia została włączona do A-klasy Śląskiej, tym samym rozpoczynając grę w polskiej lidze. Sezon w roku 1939 nie został dokończony, z powodu wybuchu II wojny światowej. Podczas okupacji wielu członków klubu, graczy i kibiców zostało zamordowanych przez niemieckich narodowych socjalistów.
Po zakończeniu wojny, klub próbował się zreorganizować. W 1949 Polonia została włączona do polskiej organizacji wielosekcyjnej Sokół-Polonia. Klub został zlikwidowany w roku 1952 przez komunistów czeskich.