Podczas okupacji francuskiej z 1807 kościół utracił większą część swojego wyposażenia. W trakcie renowacji z lat 1977-1984 przywrócono średniowieczne malowidła. Najcenniejszym elementem wyposażenia jest ambona z 1587, dzieło stolarza mebli artystycznych Mekelenborga z Rostocku. Jest ona bogato dekorowana bogatymi, drewnianymi intarsjami, przedstawiającymi postacie ludzkie i krajobrazy oraz, m.in. podobiznę Marcina Lutra.
Późnogotycki, drewniany ołtarz, pochodzący przypuszczalnie z początku XVI w., dzieło nieznanego artysty ze Szwabii, przedstawia złożenie Jezusa do grobu. Wewnątrz świątyni znajdują się ponadto liczne grobowce, w tym płyta pamiątkowa burmistrza i założyciela uniwersytetu w Greifswaldzie Heinricha Rubenowa z 1462. Obok przedstawiającej go rzeźby figuralnej znajduje się inskrypcja informująca o jego tragicznej śmierci.
Kościół Mariacki był przypuszczalnie na początku XV w. wyposażony w organy. Obecnie znajdujący się w nim instrument pochodzi z 1866 i jest dziełem organmistrza Friedricha Alberta Mehmela ze Stralsundu;