Po zburzeniu Świątyni Jerozolimskiej, z powodu zaniku innych ugrupowań religijno-politycznych, ruch faryzeuszy przejął niemal pełną kontrolę nad Żydami w Judei i żydowską diasporą. Większość faryzejskich „uczonych w piśmie” wywędrowała razem z żydowskimi wygnańcami do Babilonii i Egiptu, a część pozostała w Palestynie. Dzięki właśnie środowisku faryzejskiemu, tworzącemu dwa główne ośrodki myśli judaistycznej w Palestynie i w Babilonii, prawo ustne zostało przekazane, rozszerzone, na nowo sformułowane i w końcu skodyfikowane w Misznie (ok. 200 roku n.e.), a potem w uzupełnionym Talmudzie, będącymi obok Tory obowiązującymi wykładniami wyznawców judaizmu do dzisiaj.
Działalność Faryzeusze wywodzili się z biedniejszych warstw społeczeństwa żydowskiego i reprezentowali żydowską religijność ludową. Wypracowali sobie w latach 60 p.n.e. – 70 n.e. swoistą hierarchię i strukturę. Tworzyli bractwa (hebr. ḥaburot) swego rodzaju gminy, na czele których stali uczeni w piśmie „mistrzowie” lub „nauczyciele” (hebr. rabbi). Mistrzowie ci ustalali własną interpretację tekstów biblijnych poprzez prowadzenie regularnych dysput i wymianę listów. Najbardziej uczeni z nich uzyskiwali naturalny autorytet i stawali się w pewnym sensie liderami tego ruchu, czego przykładem mogą być dwaj najwybitniejsi przedstawiciele faryzeuszy na przełomie I w.