Mimo tego SCSI pozostało głównym protokołem wykorzystywanym w FC.
Opis Fibre Channel jak wiele innych znanych protokołów jest protokołem warstwowym. Zawiera 5 warstw, nazwanych: FC0 Warstwa fizyczna zawierająca kable, światłowody, złącza itp. FC1 Warstwa łącza danych, która implementuje kodowanie 8b/10b i dekodowanie sygnałów. FC2 Warstwa sieci, zdefiniowana przez standard FC-PH, zawierający rdzeń protokołu FC. FC3 Warstwa implementująca zewnętrzne funkcje, które rozciągają się pomiędzy wieloma portami urządzenia FC. FC4 Warstwa aplikacji lub kapsułkowania protokołów wyższych warstw, odpowiedzialna jest za przesyłanie danych innych protokołów po protokole FC.
Historycznie produkty Fibre Channel pracowały z przepływnościami odpowiednio 1 Gb/s oraz 2 Gbit/s. Standardy szybkości 4 Gbit/s i 10 Gbit/s zostały ratyfikowane i od roku 2006 są powszechnie stosowane zarówno w adapterach serwerów, jak i w zewnętrznych urządzeniach peryferyjnych, takich jak napędy taśmowe (LTO4) lub macierzach dyskowych. Standard 8 Gbit/s został także opracowany i od połowy roku 2008 są już dostępne w sprzedaży przełączniki z portami FC o tej szybkości.